Die Kosten für das Projekt belaufen sich gemäss Auflageprojekt auf rund 200 Millionen Franken.
Hochwasserschutz und Renaturierung hängen eng zusammen. Das Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer sieht deshalb eine Zusatzfinanzierung für Hochwasserschutz-Projekte vor, die über die minimalen Anforderungen an den Gewässerraum hinausgehen und diesen ökologisch aufwerten.
Wie hoch die Finanzierung bzw. Zusatzfinanzierung von Hochwasserschutz-/Renaturierungsprojekten ausfällt, hängt von Programmvereinbarungen ab, die Bund und Kantone jeweils für vier Jahre abschliessen. Die Beitragskriterien können von Programmperiode zu Programmperiode variieren.
Gemäss den aktuellen Anforderungen des Bundes kann im Reuss-Projekt mit einem Bundesbeitrag über das gesamte Projekt von ca. 70 Prozent gerechnet werden. Die verbleibenden Kosten der Wasserbaumassnahmen trägt der Kanton Luzern gemäss dem totalrevidierten kantonalen Wasserbaugesetz, das am 1. Januar 2020 in Kraft getreten ist. Die Gebäudeversicherung des Kantons Luzern wird sich voraussichtlich an den Kosten der Hochwasserschutzmassnahmen, welche der Kanton Luzern trägt, beteiligen.